El nombre o topónimo de San Cristóbal proviene del adjetivo latino “sanctus” más el griego “Cristóforos” o el portador de Cristo, mártir cananeo del siglo III que luchó contra los persas, predicó e hizo milagros, para ser asaeteado y martirizado sobre ascuas y después decapitado en el año 250, siendo siempre representado como un gigante acarreando al hombro a Jesús.
San Cristóbal de Boedo contaba con 32 vecinos a mediados del siglo XIX, tenía 70 casas, casa de ayuntamiento que se utilizaba también como cárcel, escuela con 40 alumnos, con teniente de cura, un beneficiado y un sacristán. A un cuarto de legua se levantaba la ermita de Nuestra Señora de la Muela que fuera antiguamente priorato de monjes benedictinos. Mantenía el término algún viñedo y un molino harinero con dos muelas y muy bien conservado.
En la margen izquierda de río Boedo, se levanta la ermita de la Virgen de la Muela en la que aún se pueden apreciar algunos restos de origen mozárabe, sobre todo un arco triunfal con forma de herradura y relieves de rosetas, espirales y en zigzag y algunos trocitos de cornisas y canecillos.
Se ha venido dotando el origen de esta ermita mozárabe en el año 1040, aunque sería reconstruida a mediados del siglo XVI y en el año 1980.
Dispone también San Cristóbal de una fuente neoclásica fechada en 1809.
San Cristóbal de Boedo contaba con 167 habitantes a mediados del siglo XIX, con 284 al iniciarse el siglo XX, con 220 en 1930, con 158 en 1960, con tan sólo 56 en 1991 y con 31 en 2006.